Искусственный интеллект давно установил контроль над человеческой расы. Люди для машин — это просто материал для получения энергии и в конечном счете они будут уничтожены, когда в них отпадет необходимость. Пока что они существуют в Матрице и совсем не подозревают о надвигающейся опасности. Повстанческая армия во главе с Нео не согласны с таким положением вещей, поэтому и развязали войну с машинами с целью их уничтожения. Противостоять армии машин невероятно сложно и опасно, но Нео готов рисковать всем, чтобы положить конец бойне и пасти человечество любой ценой, несмотря на сложности и потери.